Redazione ilMetropolitano
Google DeepMind ha sviluppato l’AlphaGenome Variant Impact, o AVI, un punteggio pensato per aiutare i ricercatori a valutare l’impatto potenziale delle mutazioni nel Dna. Il valore consente di ordinare le varianti genetiche in base agli effetti molecolari previsti e di individuare quelle che meritano ulteriori approfondimenti, distinguendole da quelle apparentemente meno rilevanti.
L’AVI integra le previsioni di AlphaGenome, che analizza soprattutto il ruolo delle varianti nelle regioni non codificanti del genoma, con quelle di AlphaMissense, il modello sviluppato da DeepMind per valutare le mutazioni che modificano le proteine. Il risultato è un indicatore unico applicabile sia alle regioni codificanti, che rappresentano circa il 2% del genoma, sia al restante 98% delle regioni non codificanti, coinvolte nella regolazione dell’attività dei geni.
Il punteggio non costituisce però una diagnosi né dimostra che una mutazione sia responsabile di una malattia. Un valore elevato indica che i modelli prevedono un possibile effetto biologico significativo, ma non stabilisce da solo la patogenicità della variante, il rapporto con i sintomi di un paziente o la necessità di modificare una terapia.
L’atlante presenta inoltre alcuni limiti. AlphaGenome valuta principalmente il possibile effetto di una singola mutazione e non riesce a rappresentare pienamente le conseguenze derivanti dall’interazione tra più varianti. Il sistema può inoltre avere difficoltà nel cogliere effetti indiretti o alterazioni che si manifestano in regioni del genoma distanti da quella interessata.
Secondo Ben Lehner, biologo molecolare del Wellcome Sanger Institute, l’atlante sarà uno strumento molto utile per orientare la ricerca, ma non può essere considerato rivoluzionario né utilizzato da solo per decisioni cliniche. Le previsioni dovranno essere integrate con dati clinici, analisi di laboratorio e verifiche sperimentali indipendenti.
LL
